頻度主義者を超えていけ
ベイジアンに変身するために、先日とあるセミナーに参加してきた
1.事前準備
1.1 環境構築@Windows10
・Rstudioをアップデート
公式サイトから最新バージョンをインストールすればよいだけ
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
Installersの中から RStudio 1.0.136 - Windows Vista/7/8/10 を選択した
あとインストーラー様の言われるままに進んでいって、特に詰まるところもなかった
・Rをアップデート
RStudio上でコマンドを入力してアップデートしようした。
まずパッケージを準備
install.packages("installr") library(installr)
その後、RStudioでアップデート用のコマンドを実行した。
updateR()
いろいろオプションの質問に答えるんだが、いざインストールしようとすると
「updateR()を使うなら、RStudio よりも Rgui.exe から実効するのがベストだ」
というアドバイスが表示された。
ので素直に Rgui.exe 上から再度 updateR() を実行した。
オプションの質問に答えていけば特に困ることなく終了。
Rstudioを再起動して、R version 3.3.2 と表示されることを確認。
・Rtoolsのインスコ
この項目であなたが見るべき情報はこのページだ。あとの部分は私の作業記録なので見なくてもよい
https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/RStan-Getting-Started-%28Japanese%29
まず、ここからRのバージョンに対応したファイルをダウンロードして実行
置く場所は特に理由がなければcの直下にしとけばよさげ
https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
途中で Edit the system PATH にチェックを入れる事を忘れずに
環境変数PATHの確認
> Sys.getenv('PATH') [1] "c:\\\\Rtools\\\\bin;c:\\\\Rtools\\\\gcc-4.6.3\\\\bin;...
Rから本当にg++を呼び出せるかチェック
> system('g++ -v') Using built-in specs. COLLECT_GCC=c:\Rtools\GCC-46~1.3\bin\G__~1.EXE(以下略) > system('where make') c:\Rtools\bin\make.exe
rstanのインストール(結構時間かかった)
install.packages('rstan', repos='https://cloud.r-project.org/', dependencies=TRUE)
【※重要】Rの再起動
RでC++が動くが確かめる
fx <- inline::cxxfunction( signature(x = "integer", y = "numeric" ) , ' return ScalarReal( INTEGER(x)[0] * REAL(y)[0] ) ; ') fx( 2L, 5 )
1.2 stanの雰囲気をさらっと味わっておく
(1) まず「MCMC(*´Д`)ハァハァ」でググる
(2) 検索結果の4番目ぐらいに出てくるコレを読む
http://www.slideshare.net/simizu706/stanr13
(3) (2)で紹介されれているRstan超初心者講習を読む
http://www.slideshare.net/simizu706/stan-62042940