頻度主義者を超えていけ

ベイジアンに変身するために、先日とあるセミナーに参加してきた

1.事前準備

1.1 環境構築@Windows10

・Rstudioをアップデート

公式サイトから最新バージョンをインストールすればよいだけ
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
Installersの中から RStudio 1.0.136 - Windows Vista/7/8/10 を選択した
あとインストーラー様の言われるままに進んでいって、特に詰まるところもなかった

・Rをアップデート

RStudio上でコマンドを入力してアップデートしようした。
まずパッケージを準備

install.packages("installr")
library(installr)

その後、RStudioでアップデート用のコマンドを実行した。

updateR()

いろいろオプションの質問に答えるんだが、いざインストールしようとすると
「updateR()を使うなら、RStudio よりも Rgui.exe から実効するのがベストだ」
というアドバイスが表示された。

ので素直に Rgui.exe 上から再度 updateR() を実行した。
オプションの質問に答えていけば特に困ることなく終了。

Rstudioを再起動して、R version 3.3.2 と表示されることを確認。

・Rtoolsのインスコ

この項目であなたが見るべき情報はこのページだ。あとの部分は私の作業記録なので見なくてもよい
https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/RStan-Getting-Started-%28Japanese%29

まず、ここからRのバージョンに対応したファイルをダウンロードして実行
置く場所は特に理由がなければcの直下にしとけばよさげ
https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
途中で Edit the system PATH にチェックを入れる事を忘れずに

環境変数PATHの確認

> Sys.getenv('PATH')
[1] "c:\\\\Rtools\\\\bin;c:\\\\Rtools\\\\gcc-4.6.3\\\\bin;...


Rから本当にg++を呼び出せるかチェック

> system('g++ -v')
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=c:\Rtools\GCC-46~1.3\bin\G__~1.EXE(以下略)
> system('where make')
c:\Rtools\bin\make.exe


rstanのインストール(結構時間かかった)

install.packages('rstan', repos='https://cloud.r-project.org/', dependencies=TRUE)


【※重要】Rの再起動

RでC++が動くが確かめる

fx <- inline::cxxfunction( signature(x = "integer", y = "numeric" ) , '
return ScalarReal( INTEGER(x)[0] * REAL(y)[0] ) ;
')
fx( 2L, 5 ) 

1.2 stanの雰囲気をさらっと味わっておく

(1) まず「MCMC(*´Д`)ハァハァ」でググる
(2) 検索結果の4番目ぐらいに出てくるコレを読む
http://www.slideshare.net/simizu706/stanr13
(3) (2)で紹介されれているRstan超初心者講習を読む
http://www.slideshare.net/simizu706/stan-62042940

1.3 ベイズ統計の入門書をざっと読んでおく

・図解・ベイズ統計「超」入門 あいまいなデータから未来を予測する技術 (サイエンス・アイ新書)
・完全独習 ベイズ統計学入門

2.セミナー本番

Rの使い方の基礎からベイジアンモデリングの実装まで全力で駆け抜けた。
合宿形式で、会場の露天風呂にも入ってゆっくりできた。
食事も美味しかった。

3.セミナーを終えて:ベイジアンへ変身できたのか

事前準備:刀を手に入れた
セミナー:刀の振り方を教わった
今後の目標:卍解できるようになりたい